Puesto que no se conocen sus causas, su diagnosis está basada únicamente en los síntomas. La presencia de diarrea con sangre y/o sensación de quemazón en el recto puede hacer que tu doctor te prescriba una sIgMoidoscopia y/o una colonoscopia (se describe abajo). Si mediante estas técnicas se detecta inflamación, el médico entonces intentará descartar la presencia de infección mediante un cultivo de heces o un análisis de sangre. Las biopsias, y las radiografías tanto normales como con [glossary]bario[/glossary] ayudarán a ajustar el diagnóstico.
Normalmente es posible distinguir entre la Enfermedad de Crohn y la Colitis Ulcerosa, pero puede haber incertidumbre cuando se trata de distinguir entre Colitis Ulcerosa y enfermedad de Crohn que afecta al colon. Como consecuencia, en ocasiones un diagnóstico de Colitis Ulcerosa puede acabar siendo una enfermedad de Crohn.
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