Las causas aún no se conocen, pero sí se sabe algo de los mecanismos que llegan a producir las lesiones y los síntomas de estas enfermedades. Parece que la inflamación es la respuesta a una interacción compleja de muchos factores. Algunas sustancias ambientales (antígenos) pueden provocar de forma directa la inflamación o estimular los mecanismos de defensa del organismo, provocando inflamación de forma incontrolada.

En cualquier caso, la Colitis Ulcerosa y la Enfermedad de Crohn son el resultado de una respuesta anormal del sistema inmunológico, que se pone en marcha sin que se detenga a tiempo y de forma adecuada. Normalmente, las células y proteínas que produce el sistema inmunológico sirven para defender al organismo de infecciones. Sin embargo, en las personas con Enfermedad Inflamatoria Intestinal, el sistema inmune confunde la comida, bacterias y otros elementos normales del intestino con sustancias invasoras de las que hay que protegerse. Cuando esto ocurre, los glóbulos blancos de la sangre invaden la pared del intestino provocando inflamación y úlceras.

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