En aproximadamente el 20% de los pacientes con Colitis Ulcerosa los medicamentos no son eficaces. Los brotes recurrentes o la detección de lesiones pre-cancerígenas, pueden hacer necesaria la extracción del colon. La extracción del colon cura permanentemente la Colitis Ulcerosa y normalmente todos los síntomas asociados. Las personas sometidas a este tipo de cirugía suelen ser hospitalizados durante alrededor de una semana y vuelven a trabajar en 3 o 6 semanas.

Hay varios tipos de extracción de colon: ileostomía, ileostomía continente y anastomosis íleoanal.