La mayoría de las personas notan que no toleran determinados alimentos cuando la enfermedad está activa. Pero no existe prueba alguna de que éstos afecten directamente a la inflamación. Dependiendo de la severidad de la enfermedad, algunas personas restringen la dieta en función de ello. Entre estos alimentos que se limitan figuran normalmente los productos lácteos, las especias, las grasas y los azúcares. En general, es preferible una dieta blanda baja en fibra que evite las frutas, los vegetales, los frutos secos y los cereales enteros cuando la enfermedad está activa. Una dieta alta en fibras puede ayudar cuando no hay síntomas.

En cualquier caso, si se tiende a evitar cada vez más alimentos, puede llegar a provocar un desinterés por la comida a causa del aburrimiento. Debido al apetito reducido, a la malabsorción de los nutrientes, y a las mayores necesidades nutricionales, es necesario asegurarse de que se sigue una dieta apropiada. Puesto que es en el intestino delgado donde el cuerpo absorbe los nutrientes de los alimentos, los enfermos de Crohn tienen problemas en la absorción de los mismos. Si más de 60 cm o 90 cm de intestino están enfermos o han sido extraídos, la malabsorción, especialmente de grasas, calcio y magnesio, y las vitaminas solubles en grasa A,E, y D puede ser un problema. La resección de al menos 60 cm puede también aumentar la absorción de oxalato, que reacciona con el calcio para formar piedras en el riñón. Para evitar la aparición de estas piedras es preciso seguir una dieta baja en oxalato y grasas. Las espinacas, el cacao, el café instantáneo, y el té tienen un alto contenido de oxalato.

Si solamente están afectados o han sido extraídos el íleon terminal y los últimos 60 o 90 centímetros del intestino delgado la absorción será normal, excepto por lo que se refiere a la vitamina B-12, que puede ser suplementada con inyecciones mensuales. Los suplementos de hierro ayudan a combatir la anemia y los pacientes deberían beber bastantes fluidos para reemplazar los perdidos en la diarrea.

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